Az igazgatóság hatáskörébe a vonatkozó hazai jogszabályok által meghatározott olyan kutatási, fejlesztési és koordinációs feladatok tartoznak, amelyek egyfelől a közúti közlekedés biztonságát és környezeti hatásait érintik, másfelől pedig a közlekedési rendszer egészére, vagyis a vasúti, közúti, vízi és légi közlekedésre is kiterjednek.
Az Igazgatóság kilenc szervezeti egységen keresztül látja el feladatait, ezek a Fenntartható Közlekedés Kutatóközpont, a Közlekedésfejlesztési Kutatóközpont, a Közlekedésbiztonsági Kutatóközpont, a Közlekedésbiztonsági Projektközpont, a Légi, Vasúti és Vízi Hatóságtámogatási Központ, a Hatóságtámogatási Projektközpont, a Mobilitás Kutatóközpont, a KKBAP Támogatáskezelő Központ és a Koordinációs Központ.

Az igazgatóság irányítja az alá tartozó szervezeti egységek tudományos kutatómunkáját, továbbá gondoskodik a KTI stratégiai, kutatás-fejlesztési és innovációs tevékenységének előírások szerinti működéséről.

Emellett figyelemmel kíséri a szakterületen zajló egyéb tudományos munkát, együttműködéseket alakít ki az ágazat állami, tudományos, piaci és civil szereplői között, illetve támogatja a szakminisztérium stratégiai, jogalkotási, irányítási és hatósági feladatainak ellátását hazai és nemzetközi szinten egyaránt.

Az igazgatóság továbbá részt vesz a társadalmi szemléletformálásban, a közlekedési kultúra fejlesztésében, valamint közreműködik a biztonságos közlekedésre nevelés folyamatában.

További szervezeti egységeink